Šezdesetih godina prošlog vijeka, u vrijeme intezivnog razvoja teške industrije u SR BiH, prepoznat je sindrom profesionalnog oboljevanja uposlenika na radnim mjestima sa posebnim uslovima rada. Dijagnostika i liječenje te populacije, počelo je u domovima zdravlja, ali se za relativno kratko vrijeme pojavila potreba za izmještanjem/otvaranjem specijalizovanih ambulanti u fabričkim krugovima.

Ljekarski timovi, u specifičnim uslovima rada, uz neosporno prisustvo fizičkih, hemiskih i bioloških štetnosti u radnoj sredini, identifikovali su potrebu za kontinuiranim poboljšanjem uslova rada, terminološki definisanim kao higijena rada.

Svijest o potrebi posebne zaštite radnika na radnim mjestima, izloženim različitim štetnostima, pratilo je i uvođenjem nove medicinske discpline – specijalizacije medicine rada, čime su stvoreni legitimni uslovi za kvalitetnu prevenciju zdravlja radno sposobne populacije.

Sedamdesetih godina, u vrijeme formiranja OOUR-a, prvi put u organizacionom smislu, osnovan je OOUR Opća medicina i medicina rada, u okviru Doma zdravlja Sarajevo, koji je preteča današnje JU Zavod za medicinu rada Kantona Sarajevo.

Medicina rada, kao nezavisna medicinska grana, organizaciono, kao Zavod za medicinu rada u okviru Doma zdravlja Sarajevo, registrovan je 01.04.1984. godine. Tih devedesetih godina, do rata, Zavod se profilirao kao respektabilna zdravstvena ustanova, u pogledu kadra, opreme i prostora.

Potpunu samostalnost, u svojstvu javne zdravstvene ustanove, stekao je 13.04.1998.godine, odlukom Skupštine grada Sarajeva.

Formiranjem kantona u FBiH, osnivačka prava nad ovim Zavodom, preuzela je Skupština Kantona Sarajevo, svojom odlukom, donijetom dana 04.12.1997.godine.

Taj status, Zavod je zadržao do danas.