Pokrenut 2005.godine, odsjek raspolaže sa vrhunskom analitičkom opremom te odgovarajućim stručnim kadrom i kao jedina ustanova u BiH nudi usluge analiza biološkog materijala (krv i urin) na prisustvo različitih hemiskih supstanci, kao što su:
droge;
opijati;
lijekovi;
teški metali i sl.
Oformljen 2008. godine, uz najsavremeniju opremu Odsjek za higijenu radne sredine nudi usluge mjerenja i ocjenjivanja
fizičkih štetnosti:
- buka;
- vibracije;
- osvjetljenost;
hemijskih štetnosti:
- koncentracije gasova CO i CO2;
- koncentracije prašine;
parametara mikroklime:
- temperatura zraka;
- temperatura zračenja;
- brzina strujanja zraka;
- relativna vlažnost.
Sva mjerenja i ocjene popraćeni su izvještajem i odgovarajućim upotrebnim dozvolama koje izdaje Zavod.